TECNOLOGIE NEXT GENERATION SEQUENCING E PIPELINE BIOINFORMATICHE PER LA PROFILAZIONE E L'ANALISI DELLA DISBIOSI INTESTINALE ASSOCIATA ALL’OBESITÀ

Il presente lavoro di tesi esplora l'evoluzione delle tecnologie omiche e di sequenziamento di nuova generazione (NGS), evidenziando il passaggio da un approccio riduzionista allo studio dei sistemi biologici complessi. Attraverso l'analisi della genomica spaziale e del microbioma umano, emerge come l'architettura tissutale, le forze biofisiche del microambiente e le comunità microbiche siano interconnesse e fondamentali per la salute. Tali concetti teorici trovano applicazione nell'attività sperimentale del protocollo clinico SAFETY, dove il sequenziamento 16S rRNA è stato impiegato per valutare l'impatto della farina di Eragrostis tef sulla disbiosi intestinale in pazienti con obesità. I risultati preliminari dimostrano la notevole plasticità del microbiota in risposta agli interventi dietetici. Pur riconoscendo i limiti metodologici attuali, come i bias associati all'approccio 16S e la presenza di fattori confondenti, si delinea la necessità di un'integrazione "multi-omica". L'unione di dati genomici, trascrittomici, metabolomici e metaproteomici, supportata dall'analisi bioinformatica dei Big Data, rappresenta la prospettiva futura per lo sviluppo di terapie e interventi nutrizionali personalizzati nella medicina di precisione.